Die Arbeit der Europäischen Akademie vollzieht sich vor allem in auf Zeit eingerichteten Projektgruppen. Mitglieder der Projektgruppen sind fachlich ausgewiesene Wissenschaftler aus Universitäten und außeruniversitären Forschungseinrichtungen in Europa. In Einzelfällen können auch Vertreter anderer gesellschaftlicher Bereiche, etwa aus der Wirtschaft, berufen werden. Die Mitglieder wählen aus ihrer Runde einen Vorsitzenden.
Themenbereiche für Projekte der Europäischen Akademie sind Technik, Gesundheit, Umwelt und Methoden. Übergreifend sollen Kernbegriffe in der Erforschung und Beurteilung von Folgen wissenschaftlich-technischer Entwicklungen wie „Risiko“, „Innovation“, „Prognose“ oder „Verantwortung“ und die damit zusammenhängenden prozeduralen Fragestellungen behandelt und zum Instrumentarium einer rationalen Wissenschafts- und Technikfolgenbeurteilung weiterentwickelt werden.

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Die aktuellen Projektgruppen sind:

• Sichere Energieversorgung

• Synthetische Biologie

• Langfristiges Planen

• Nanopartikel in der Rheumaforschung
     Nanopartikel für medizinische Zwecke. Technische, medizinische und ethische Aspekte

• Energiespeicher und Virtuelle Kraftwerke

• Klinische Forschung in vulnerablen Populationen

• Tiefe Hirnstimulation in der Psychiatrie